R语言绘制森林图

R语言绘制森林图

数据输入上述格式,然后以下代码绘制:

library(forestplot)   # 画森林图

data <- read.csv('文件路径',sep=',',header=FALSE)

forestplot(labeltext = as.matrix(data[,1:3]),
           #设置用于文本展示的列,此处我们用数据的前六列作为文本,在图中展示
           mean = data$V4, #设置均值
           lower = data$V5, #设置均值的下限
           upper = data$V6, #设置均值的上限,
           boxsize= 0.2,
           is.summary = c(T,F,F,F,F,F,F,F,F,F,F,F,F,F,F,F,F,F),
           #定义数据中的每一行是否是汇总值,若是,在对应位置设置为TRUE,若否,则设置为FALSE;
           #设置为TRUE的行则以粗体出现
           xticks = c(0,1,2,3,4,5,6),#设置X轴刻度线
           clip = c(0,1),#设置可信区间范围,超出部分用箭头展示
           ci.vertices.height = 0.03,
           zero = 1, #设置参照值,此处展示的是HR,故参照值是1,而不是0
           lineheight = unit(1,'mm'),#设置图形中的行距
           colgap = unit(10,'mm'),#设置图形中的列间距
           lwd.zero = 2,#设置参考线的粗细
           lwd.ci = 2,#设置区间估计线的粗细
           lwd.xaxis=2,#设置X轴线的粗细
           xlog=FALSE,
           grid = FALSE,
           lty.ci = 1,
           cex = 3,
           col=fpColors(box='black',  summary= "black",lines = 'black',zero = 'black'),
           graph.pos = 2)#设置森林图的位置,此处设置为5,则出现在第五列


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