第一步是安装Tableone的包
pip install tableone
第二步加载所需的包
import pandas as pd
import numpy as np
import warnings
import statsmodels as sm
import tableone
%matplotlib inline
%config InlineBackend.figure_format = "svg"
warnings.filterwarnings("ignore")第三步加载data并预览data
data = pd.read_csv('/Users/xujun/Downloads/tableone-master/datasets/pn2012.csv')
data.head(10) # 预览数据的前10行
# 删除不需要的列
data.drop(['patients_id'],axis=1, inplace=True)
# 提取列名
data.columns.values
第四步用tableone做统计并展示数据
columns = ['Age', 'SysABP', 'Height', 'Weight', 'ICU','MechVent', 'LOS',
] # 列名
categorical = ['ICU', 'MechVent'] #分类变量
nonnormal = ['Age', 'SysABP'] #非正态分布
groupby = 'death' #按是否死亡分类
mytable = tableone.TableOne(data, columns, categorical, groupby, nonnormal,
pval = True, label_suffix = True,smd=True, htest_name = True)
mytable.tableone
数据展示方式为中位数和四分位间距，根据数据类型可调整检验方法和展示方式。Tableone中分类变量默认使用卡方检验 chisq.test()；连续变量默认使用方差分析oneway.test()。
第五步导出数据到本地
mytable.to_excel("结果输出.xlsx")来源于临床研究中Table 1的五步生成法_Yotsunoha_医学AI之家
原创文章（本站视频密码：66668888），作者：xujunzju，如若转载，请注明出处：https://zyicu.cn/?p=11601
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