Python中Tableone数据分析工具

第一步是安装Tableone的包

pip install tableone

第二步加载所需的包

import pandas as pd
import numpy as np
import warnings
import statsmodels as sm
import tableone 
%matplotlib inline
%config InlineBackend.figure_format = "svg"
warnings.filterwarnings("ignore")

第三步加载data并预览data

data = pd.read_csv('/Users/xujun/Downloads/tableone-master/datasets/pn2012.csv')
data.head(10) # 预览数据的前10行

# 删除不需要的列
data.drop(['patients_id'],axis=1, inplace=True)
# 提取列名
data.columns.values
Python中Tableone数据分析工具

第四步用tableone做统计并展示数据


columns = ['Age', 'SysABP', 'Height', 'Weight', 'ICU','MechVent', 'LOS',
       ] # 列名

categorical = ['ICU', 'MechVent'] #分类变量

nonnormal = ['Age', 'SysABP'] #非正态分布

groupby = 'death' #按是否死亡分类

mytable = tableone.TableOne(data, columns, categorical, groupby, nonnormal,
                            pval = True, label_suffix = True,smd=True, htest_name = True)

mytable.tableone
Python中Tableone数据分析工具

数据展示方式为中位数和四分位间距,根据数据类型可调整检验方法和展示方式。Tableone中分类变量默认使用卡方检验 chisq.test();连续变量默认使用方差分析oneway.test()。

第五步导出数据到本地

mytable.to_excel("结果输出.xlsx")

来源于临床研究中Table 1的五步生成法_Yotsunoha_医学AI之家

    原创文章(本站视频密码:66668888),作者:xujunzju,如若转载,请注明出处:https://zyicu.cn/?p=11601

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