AmsterdamUMCdb数据库安装教程

AmsterdamUMCdb数据库安装教程

等csv数据文件下载好以后就可以安装AmsterdamUMCdb了。github上有专门的安装方法,可以采用,其中安装目录在这个文档里面。

AmsterdamUMCdb数据库安装教程
https://github.com/AmsterdamUMC/AmsterdamUMCdb/tree/master/setup-amsterdamumcdb
AmsterdamUMCdb数据库安装教程

我没有按照它的方法,还是采用和mimic数据库相似的方式安装,终端下安装,当然修改了sql文件。postgres-load-data-csv.sql文件里加入这一句 \cd :amsterdamumcdb_data_dir,然后使用以下代码逐句安装即可,亲测可行。

psql -U postgres;

CREATE DATABASE amsterdamumcdb OWNER postgres;

\c amsterdamumcdb;

CREATE SCHEMA amsterdamumcdb;

\q

#用cd命令进入脚本所在路径
cd /Users/xujun/Desktop/AmsterdamUMCdb\ v1.0.2/AmsterdamUMCdb-master/setup-amsterdamumcdb/postgres

#查看当前路径所含文件
ls -ef 

#创建table
psql 'dbname=amsterdamumcdb user=postgres options=--search_path=amsterdamumcdb' -f 
postgres-create-tables.sql

#加载CSV数据,注意更改数据库名称、用户名、脚本名、数据路径:
psql 'dbname=amsterdamumcdb user=postgres options=--search_path=amsterdamumcdb' -f 
postgres-load-data-csv.sql -v amsterdamumcdb_data_dir='/Users/xujun/Downloads/AmsterdamUMCdb-v1'

#建立索引
psql 'dbname=amsterdamumcdb user=postgres options=--search_path=amsterdamumcdb' -f 
postgres-create-index.sql

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