mimiciii\eicu\mimiciv数据库安装程序

Mimiciii库的安装

官网地址:https://mimic.physionet.org/

#把26个CSV文件+4个SQL批处理文件所在目录:desktop/mimiciii
DROP DATABASE IF EXISTS mimiciii;
CREATE DATABASE mimiciii OWNER postgres;
c mimiciii;
CREATE SCHEMA mimiciii;
set ON_ERROR_STOP 1
set search_path TO mimiciii;
set mimic_data_dir ‘/Users/xujun/Desktop/mimiciii’
i /Users/xujun/Desktop/mimiciii/postgres_create_tables.sql   
i /Users/xujun/Desktop/mimiciii/postgres_load_data.sql     等待很久
i /Users/xujun/Desktop/mimiciii/postgres_add_indexes.sql  等待很久
i /Users/xujun/desktop/mimiciii/postgres_checks.sql
mimiciii\eicu\mimiciv数据库安装程序

另外的一种安装方案:https://mp.weixin.qq.com/s/WBx83cx4qaa7MrI16UOXAQ,最重要的几句语句:

psql 'dbname=mimiciv user=postgres options=--search_path=mimiciv' -f postgres_create_tables.sql

psql 'dbname=mimiciv user=postgres options=--search_path=mimiciv' -f postgres_load_data.sql -v mimic_data_dir='/Users/xujun/Desktop/mimic-iv-1.0'

psql 'dbname=mimiciv user=postgres options=--search_path=mimiciv' -f postgres_add_indexes.sql

psql 'dbname=mimiciv user=postgres options=--search_path=mimiciv' -f postgres_checks.sql

eicu库的安装

#31个CSV文件解压缩后和4个sql批处理文件所在目录:desktop/eicu
DROP DATABASE IF EXISTS eicu;
CREATE DATABASE eicu OWNER postgres;
c eicu;
CREATE SCHEMA eicu;
set ON_ERROR_STOP 1
set search_path TO eicu;
set mimic_data_dir '/Users/xujun/Desktop/eicu'
i /Users/xujun/Desktop/eicu/postgres_create_tables.sql   
i /Users/xujun/Desktop/eicu/postgres_load_data.sql     等待很久
i /Users/xujun/Desktop/eicu/postgres_add_indexes.sql  等待很久
i /Users/xujun/desktop/eicu/postgres_checks.sql

mimiciv库V0.4的安装

官网地址:https://mimic-iv.mit.edu/

#Csv文件解压放入目录:desktop/mimiciv
#Sql3个批处理文件也放入目录:desktop/mimiciv

DROP DATABASE IF EXISTS mimiciv;
CREATE DATABASE mimiciv OWNER postgres;
c mimiciv;
CREATE SCHEMA mimiciv;
set ON_ERROR_STOP 1
set search_path TO mimiciv;
set datadir '/Users/xujun/Desktop/mimiciv’
i /Users/xujun/Desktop/mimiciv/create_tables.sql
i /Users/xujun/Desktop/mimiciv/load_data.sql
i /Users/xujun/Desktop/mimiciv/add_indexes.sql

mimiciv库V1.0的安装

万变不离其中,其实先从官网https://physionet.org/content/mimiciv/1.0/下载好所有的安装文件,然后解压,不需要移动出来,然后从github官网上下载指导文件夹https://github.com/MIT-LCP/mimic-iv,接下来需要修改的是mimic-iv-master/buildmimic/postgres/load.sql文件,修改安装文件的目录地址。然后就可以参照0.4版本的安装策略了

DROP DATABASE IF EXISTS mimiciv;
CREATE DATABASE mimiciv OWNER postgres;
c mimiciv;
CREATE SCHEMA mimiciv;
set ON_ERROR_STOP 1
set search_path TO mimiciv;
set datadir '/Users/xujun/Downloads/mimic-iv-1.0'
i /Users/xujun/Downloads/mimic-iv-master/buildmimic/postgres/create.sql
i /Users/xujun/Downloads/mimic-iv-master/buildmimic/postgres/load.sql
i /Users/xujun/Downloads/mimic-iv-master/buildmimic/postgres/index.sql

备份一下mimiciii的原始代码文件

    原创文章(本站视频密码:66668888),作者:xujunzju,如若转载,请注明出处:https://zyicu.cn/?p=4955

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