Mimiciii库的安装
官网地址：https://mimic.physionet.org/，
#把26个CSV文件+4个SQL批处理文件所在目录：desktop/mimiciii
DROP DATABASE IF EXISTS mimiciii;
CREATE DATABASE mimiciii OWNER postgres;
c mimiciii;
CREATE SCHEMA mimiciii;
set ON_ERROR_STOP 1
set search_path TO mimiciii;
set mimic_data_dir ‘/Users/xujun/Desktop/mimiciii’
i /Users/xujun/Desktop/mimiciii/postgres_create_tables.sql
i /Users/xujun/Desktop/mimiciii/postgres_load_data.sql 等待很久
i /Users/xujun/Desktop/mimiciii/postgres_add_indexes.sql 等待很久
i /Users/xujun/desktop/mimiciii/postgres_checks.sql
另外的一种安装方案：https://mp.weixin.qq.com/s/WBx83cx4qaa7MrI16UOXAQ，最重要的几句语句：
psql -U postgres;
CREATE DATABASE mimiciii OWNER postgres;
\c mimiciii;
CREATE SCHEMA mimiciii;
\q
cd 放置sql文件的文档地址
ls -ef #查看有哪些文件
psql 'dbname=mimiciv user=postgres options=--search_path=mimiciv' -f postgres_create_tables.sql
psql 'dbname=mimiciv user=postgres options=--search_path=mimiciv' -f postgres_load_data.sql -v mimic_data_dir='/Users/xujun/Desktop/mimic-iv-1.0'
psql 'dbname=mimiciv user=postgres options=--search_path=mimiciv' -f postgres_add_indexes.sql
psql 'dbname=mimiciv user=postgres options=--search_path=mimiciv' -f postgres_checks.sqleicu库的安装
#31个CSV文件解压缩后和4个sql批处理文件所在目录：desktop/eicu
DROP DATABASE IF EXISTS eicu;
CREATE DATABASE eicu OWNER postgres;
c eicu;
CREATE SCHEMA eicu;
set ON_ERROR_STOP 1
set search_path TO eicu;
set mimic_data_dir '/Users/xujun/Desktop/eicu'
i /Users/xujun/Desktop/eicu/postgres_create_tables.sql
i /Users/xujun/Desktop/eicu/postgres_load_data.sql 等待很久
i /Users/xujun/Desktop/eicu/postgres_add_indexes.sql 等待很久
i /Users/xujun/desktop/eicu/postgres_checks.sqlmimiciv库V0.4的安装
官网地址：https://mimic-iv.mit.edu/
#Csv文件解压放入目录：desktop/mimiciv
#Sql3个批处理文件也放入目录：desktop/mimiciv
DROP DATABASE IF EXISTS mimiciv;
CREATE DATABASE mimiciv OWNER postgres;
c mimiciv;
CREATE SCHEMA mimiciv;
set ON_ERROR_STOP 1
set search_path TO mimiciv;
set datadir '/Users/xujun/Desktop/mimiciv’
i /Users/xujun/Desktop/mimiciv/create_tables.sql
i /Users/xujun/Desktop/mimiciv/load_data.sql
i /Users/xujun/Desktop/mimiciv/add_indexes.sqlmimiciv库V1.0的安装
万变不离其中，其实先从官网https://physionet.org/content/mimiciv/1.0/下载好所有的安装文件，然后解压，不需要移动出来，然后从github官网上下载指导文件夹https://github.com/MIT-LCP/mimic-iv，接下来需要修改的是mimic-iv-master/buildmimic/postgres/load.sql文件，修改安装文件的目录地址。然后就可以参照0.4版本的安装策略了
DROP DATABASE IF EXISTS mimiciv;
CREATE DATABASE mimiciv OWNER postgres;
c mimiciv;
CREATE SCHEMA mimiciv;
set ON_ERROR_STOP 1
set search_path TO mimiciv;
set datadir '/Users/xujun/Downloads/mimic-iv-1.0'
i /Users/xujun/Downloads/mimic-iv-master/buildmimic/postgres/create.sql
i /Users/xujun/Downloads/mimic-iv-master/buildmimic/postgres/load.sql
i /Users/xujun/Downloads/mimic-iv-master/buildmimic/postgres/index.sql备份一下mimiciii的原始代码文件
原创文章（本站视频密码：66668888），作者：xujunzju，如若转载，请注明出处：https://zyicu.cn/?p=4955
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评论列表（9条）
您好我想请问一下eicu数据库导入一直显示admissiondrug关系不存在，但是我的数据库里是有这个csv文件的
@y：有截图么？是不是sql文件被修改过了
@y：请问一下AmsterdamUMCdb是怎么申请的啊
@8546：就按官网上的申请流程就可以，就是审核很慢的
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mimiciv=# \set mimic_data_dir ‘D:/mimic-iv-1.0’
mimiciv=# \encoding ‘UTF8’
mimiciv=# \i D:/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/load_7z.sql
SET
ERROR: 系统找不到指定的文件。
admissions.csv.gz
System ERROR:
系统找不到指定的文件。
COPY 0
psql:D:/mimic-code-main/mimic-iv/buildmimic/postgres/load_7z.sql:15: 错误: 7z e -so admissions.csv.gz: 子进程已退出, 退 出码为 2
您好，可以问下出现这种情况怎么解决？。。文件夹里是有admissions.csv.gz这个文件的。。
@1855：说明load_7z.sql这个文件内容需要修改一下，是否你已经解压成admissions.csv
请问AmsterdamUMCdb怎么申请啊？有具体流程么？