为何皮肤色素沉着只发生在多黏菌素B上，多黏菌素E为什么没有呢？多黏菌素B 导致皮肤色素沉着的机理尚不明确，可能的机制包括：
（1）多黏菌素B 诱导组胺的释放和黑色素的合成，组胺可以激活黑素细胞的H2 受体，上调酪氨酸酶和蛋白激酶A的活性，促进黑素生成，这也解释了为何色素沉着多发生在头颈部，因为这里的皮肤含有更多的黑素细胞；
（2）患者皮肤活检的组织病理学结果发现了表皮朗格汉斯细胞和真皮树突状细胞的增殖，朗格汉斯细胞在慢性炎症性皮肤病中起着至关重要的作用，因此意味着患者可能处于炎症后病理进展阶段；
（3）Choi 等研究发现IL-6 可以抑制黑素细胞的增殖和黑色素的生成，而Mattos 等发现多黏菌素B 导致皮肤色素沉着的患者中IL-6 的表达增加，可能是为了起到调节作用。
仔细研究多黏菌素B与多黏菌素E的化学结构，发现多黏菌素B与多黏菌素E结构上差别不大，仅是6号位上苯丙氨酸和亮氨酸的差异。皮肤色素沉着为多黏菌素B独特的不良反应，可能与其结构中存在苯丙氨酸有关。据《马丁代尔药物大典》记载：苯丙氨酸有治疗白癜风的作用，在治疗过程中有60%以上存在色素再沉着，亮氨酸则有改善肝病的作用。这也可能是一个重要原因。
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