MIMICIV_2.0版本安装

xujunzju • 2022年7月5日 07:36 • 云数据库 • 阅读 1668

从官网上下载安装文件，并保存至mimiciv_2.0文件夹中，打开Postgres.app，再打开终端，

psql -U postgres;

按以下步骤逐步输入：

#创建mimiciv数据库
CREATE DATABASE mimiciv OWNER postgres;
#退出终端
\q

#在终端进入脚本所在路径
cd /Users/xujun/Downloads/build_mimiciv-2.0
#查看当前路径所含文件：
ls -ef
#创建table：
psql 'dbname=mimiciv user=postgres options=--search_path=mimiciv' -f create.sql

#加载CSV数据，注意更改数据库名称、用户名、脚本名、数据路径：
psql 'dbname=mimiciv user=postgres options=--search_path=mimiciv' -f load_gz.sql 
-v mimic_data_dir='/Users/xujun/Downloads/mimiciv_2.0'

#建立索引：
psql 'dbname=mimiciv user=postgres options=--search_path=mimiciv' -f index.sql

然后数据核对，基本成功了。