奔溃的MIMIC III数据库安装经历

xujunzju • 2020年1月8日 13:16 • 云数据库 • 阅读 4828

不知道怎么捣鼓了一下，发现本地的mimic数据库崩溃了，先是各种postgres卸载后无法找到原先的数据，但是看硬盘量肯定存在。然后是通过软件总算删除了。接下来崩溃的是重新安装出现问题，一直提示为previous connection kept，抓狂的两天啊。

后面与田工程师沟通以后各种删除卸载，重启，还是奔溃，最后她提醒按照官方重头到脚来一遍。我是mac系统，参照https://mimic.physionet.org/tutorials/install-mimic-locally-ubuntu/，我先安装postgres

brew install postgres

这个可以成功安装，安装以后不像软件一样启动数据库，需要重新打入代码：

brew services start postgresql

然后postgreql启动成功了。

whoami

返回我的电脑名字xujun

createuser -P -s -e -d xujun

结果又错误来了，提示creation of new role failed: ERROR: role “xujun” already exists，不管了，就当我的用户名存在，于是下一句

psql -U xujun -d postgres

成功进入postgres，抬头变成了：postgres=#

CREATE DATABASE mimic OWNER xujun;

仍旧错误，提示我已经有ERROR: database “mimic” already exists

于是再次不管它了，连接到mimic数据库

\c mimic;

返回：You are now connected to database “mimic” as user “xujun”，成功的。

CREATE SCHEMA mimiciii;

再次返回错误ERROR: schema “mimiciii” already exists，我想是不是前面是真建立好了，所有的关键在于这句。

set search_path to mimiciii;

前面的时候没有任何东西跳出来，这一次让我看到希望是返回了SET这个单词

然后我不安装官方的做了，我先前26张表格是放在桌面的mimic文件下，而安装sql的文件是放在桌面mimiccc下的，于是我就按照自己的理解做了

\i /Users/xujun/desktop/mimiccc/postgres_create_tables.sql

发现这一次的table是建立在mimiciii下面的，再次看到希望呀

\set ON_ERROR_STOP 1

\set mimic_data_dir '/Users/xujun/desktop/mimic'

\i /Users/xujun/desktop/mimiccc/postgres_load_data.sql

于是看到了：

总算让我看到希望了，需要再等5-6个小时了，第4张表格很大很大。

建立索引：

\i /Users/xujun/desktop/mimiccc/postgres_add_indexes.sql

验证表格：

\i /Users/xujun/desktop/mimiccc/postgres_checks.sql

期待成功

成功了

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