奔溃的MIMIC III数据库安装经历

奔溃的MIMIC III数据库安装经历

不知道怎么捣鼓了一下,发现本地的mimic数据库崩溃了,先是各种postgres卸载后无法找到原先的数据,但是看硬盘量肯定存在。然后是通过软件总算删除了。接下来崩溃的是重新安装出现问题,一直提示为previous connection kept,抓狂的两天啊。

奔溃的MIMIC III数据库安装经历

后面与田工程师沟通以后各种删除卸载,重启,还是奔溃,最后她提醒按照官方重头到脚来一遍。我是mac系统,参照https://mimic.physionet.org/tutorials/install-mimic-locally-ubuntu/,我先安装postgres

brew install postgres

这个可以成功安装,安装以后不像软件一样启动数据库,需要重新打入代码:

brew services start postgresql

然后postgreql启动成功了。

whoami

返回我的电脑名字xujun

createuser -P -s -e -d xujun

结果又错误来了,提示creation of new role failed: ERROR:  role “xujun” already exists,不管了,就当我的用户名存在,于是下一句

psql -U xujun -d postgres

成功进入postgres,抬头变成了:postgres=#

CREATE DATABASE mimic OWNER xujun;

仍旧错误,提示我已经有ERROR:  database “mimic” already exists

于是再次不管它了,连接到mimic数据库

\c mimic;

返回:You are now connected to database “mimic” as user “xujun”,成功的。

CREATE SCHEMA mimiciii;

再次返回错误ERROR:  schema “mimiciii” already exists,我想是不是前面是真建立好了,所有的关键在于这句。

set search_path to mimiciii;

前面的时候没有任何东西跳出来,这一次让我看到希望是返回了SET这个单词

然后我不安装官方的做了,我先前26张表格是放在桌面的mimic文件下,而安装sql的文件是放在桌面mimiccc下的,于是我就按照自己的理解做了

\i /Users/xujun/desktop/mimiccc/postgres_create_tables.sql

发现这一次的table是建立在mimiciii下面的,再次看到希望呀

\set ON_ERROR_STOP 1
\set mimic_data_dir '/Users/xujun/desktop/mimic' 
\i /Users/xujun/desktop/mimiccc/postgres_load_data.sql 

于是看到了:

奔溃的MIMIC III数据库安装经历

总算让我看到希望了,需要再等5-6个小时了,第4张表格很大很大。

建立索引:

\i /Users/xujun/desktop/mimiccc/postgres_add_indexes.sql 

验证表格:

\i /Users/xujun/desktop/mimiccc/postgres_checks.sql

期待成功

成功了

奔溃的MIMIC III数据库安装经历

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    评论列表(4条)

    • 徐若欣 2020年12月17日 17:30

      老师我想问下,我为什么出现load不了,显示文件不存在呀

      • xujunzju 2020年12月17日 21:05

        @徐若欣肯定是你其实都把表安装在了public上,你可以看我另外一个文章http://www.zyicu.cn:66/?p=4955

    • 周和平 2021年11月13日 20:12

      checks为啥失败呢?

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