加载包
library(ggplot2)
library(ggpubr)
library(ggExtra)数据准备
setwd("E:\\研究生学习\\可视化\\R语言绘制50个SCI图的输入文件及代码\\R语言绘制50个SCI图的输入文件及代码\\22.cor")
inputFile="input.txt"
gene1="MTMR14" #第一个基因名字
gene2="PRKCD" #第二个基因名字
#读取输入文件，提取基因表达量
rt=read.table(inputFile,sep="\t",header=T,check.names=F,row.names=1)
x=as.numeric(rt[gene1,])
y=as.numeric(rt[gene2,])相关分析
df1=as.data.frame(cbind(x,y))
corT=cor.test(x,y,method="spearman")
cor=corT$estimate
pValue=corT$p.value
p1=ggplot(df1, aes(x, y)) +
xlab(gene1)+ylab(gene2)+
geom_point()+ geom_smooth(method="lm",formula = y ~ x) + theme_bw()+
stat_cor(method = 'spearman', aes(x =x, y =y))
p1
添加变量边际分布
p2=ggMarginal(p1, type = "density", xparams = list(fill = "orange"),yparams = list(fill = "blue"))
p2
spearman相关系数
特别申明：本文为转载文章，转载自魏逐禅 逐禅note，不代表贪吃的夜猫子立场，如若转载，请注明出处：https://mp.weixin.qq.com/s/MfsLi19WKTx6RSL723NIoQ
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